如果說北京兩岸政策是以和平統一為主軸的話，那麼陳水扁兩岸政策的核心就是和平獨立。陳水扁堅持台灣是一個主權獨立的國家，拒絕接受一個中國原則，也自然反對一國兩制；認為兩岸應在「和平原則」下，展開談判，解決彼此問題。
大選前不足五十日，陳水扁提出兩項公投議題，建議推動「兩岸和平穩定互動架構」，主張兩岸在「和平原則」下，就兩岸互派常駐代表、互設聯絡辦事處、互相承認管轄權及建立非軍事區，展開雙邊和談。
陳呂競選總部執行總幹事邱義仁周三指出，陳水扁無論如何也不會接受一個中國的原則，強調陳水扁當選後，希望建立和平穩定架構，處理兩岸關係。至於陳水扁在去年底推出的公投制憲主張，邱義仁則承諾二○○六年制憲、二○○八年執行新憲的內容，不會涉及國旗、國號、國歌。
而陳水扁在選前兩日再度重申他的主張，強調當選後，將成立兩岸小組，由諾貝爾獎得主、台灣中央研究院院長李遠哲及工商界非常敬重的人物共同組成，防止兩岸因誤判而發生意外。
本報記者