總統府轄下的國家安全會議是台灣國家安全危機的最高決策處理單位。若島內發生重大危機，身兼國安會主席的總統，可透過召開國安會，召集相關官員，根據國安會轄下國家安全局所提供的情報，制訂危機處理方法，再交由行政院執行。
根據台灣國家安全會議組織法，若總統不能出席國安會，則由副總統代理，而觀乎昨日的情況，陳水扁雖然受傷但仍清醒，仍可執行職務，故昨日的國安會是陳水扁透過總統府，指示行政院長游錫堃召開的。
提到國家安全，自然不得不提國安會轄下的國安局。國安局除負責統合管理國安情報工作外，還設有特種勤務指揮中心，協同相關機關負責總統、副總統，以及正副總統候選人的保安工作。因此，陳水扁昨拜票遇襲，顯示國安局有份負責的總統保安工作，出現漏洞。