台灣今次大選主要是選舉第十一任總統及副總統。由於投票日同時舉行台灣首次公民投票，選民還要就是否「增購軍備」及「展開兩岸協商」兩個公投議題表態。 因此，今次大選選民可領取三張選票，分別是一張總統選票及兩張公投票，選好後投進三個指定的票箱。若總統選票投錯公投票的票箱，選票作廢，反之亦然。至於兩個公投議題的選票，若互相投錯票箱，則作有效票計算。