陳水扁、呂秀蓮在台南拉票時雙雙遭遇槍擊受傷。台灣總統府秘書長邱義仁表示，先發現受傷的是呂秀蓮，她膝部疼痛，後來陳水扁也覺得腹部濕濕的，檢查之下才發現「出了狀況」。醫院稱，陳水扁是腹部受傷，呂秀蓮則是膝蓋受傷。
槍擊事件發生後，陳水扁、呂秀蓮被送到台南奇美醫院急診症。邱義仁在台北舉行的記者會上被問及陳、呂受傷經過時表示：「最先覺得痛的是副總統，她的右膝蓋突然間非常的痛。當時鞭炮聲非常大，她開始時以為是被鞭炮打到。後來總統也覺得他的腹部濕濕的，打開看了一下才知道出了狀況。」
由電視畫面所見，陳水扁乘坐的汽車擋風玻璃留下一個彈洞，陳水扁發現受傷後，右手握住前面的扶手，左手仍伸出拇指，繼續呼籲選民投給「一號」，隨即有保鑣上前用手捂在他受傷的部位。站在陳水扁左側的呂秀蓮，則露出痛苦的表情，用手摸住膝頭。
台灣總統醫療顧問小組召集人、國泰醫院院長陳楷模表示，陳水扁受槍擊的位置是在肚臍下方三厘米處，子彈是右進左出，傷口長十公分，共縫合了十四針，子彈是在衣服內找到，並非在他身上。
奇美醫院院長詹啟賢表示，最初為陳水扁作X光檢查時，發現背部有彈頭，但幾經檢查，仍未發現其腹腔內臟器官受傷，懷疑彈頭在皮下表層，最後才發現彈頭原來在衣服裏。陳水扁接受檢查時，並未脫下外套。
詹啟賢稱，副總統呂秀蓮是右膝有外傷，約一至二厘米深的外傷，有裂開現象，但無骨折，醫師處理包紮後，發現有金屬異物在傷口內，後送到加護病房內休養觀察中，情緒穩定。
台灣《蘋果日報》