陳水扁上台兩年後，扁李關係開始出現裂痕，先是農漁信用會改革，扁力主改革，李苦諫不果，憤以狠批扁政府不懂政治。兩人矛盾公開後，陳水扁一不做二不休，毅然把李登輝心腹劉泰英扣押，將兩人關係推至新低。
○二年九月，行政院長游錫堃毅然向農漁信用會開刀，準備將之關閉，觸發十二萬農漁民上街，李登輝苦諫不果，公開批扁不懂農業。陳水扁翌日還擊，雙方惡言相向，李登輝最後向扁營插刀，狠批阿扁的官員只會選舉不會政治。這是情同父子的扁李首次反目，也是李登輝對陳水扁最嚴厲的批評。
翌年二月，連宋結盟幾近成局之際，陳水扁突傳訊李的親信、原中華開發董事長劉泰英，台北地方法院二月十日就新瑞都舞弊案開庭，指劉泰英涉嫌貪污收賄，將他收柙。阿扁還公開說，證據到那裏就辦到那裏，暗示要法辦李登輝。李六日後全力還擊，狠批阿扁的兩岸政策，名謂「積極開放、有效管理」，實是「缺乏管理」。
扁李交惡風波愈滾愈大，民進黨立委葉宜津三月六日召開記者會，把法國軍艦拉法葉舞弊時擔任黨政最高職的李登輝列為頭號疑犯，要求法務部徹查。這是民進黨立委首度點名要求調查李登輝，此舉觸怒奉李登輝為精神領袖的台聯黨。台聯立委隨即警告陳水扁，若不處理葉宜津，台聯不排除在下屆大選中不支持陳水扁。最後因為連宋氣勢太盛，兩人才握手言和。