對於陳水扁一手主導的公投，藍營全力狙擊，從立法到投票，頻頻設置障礙。在公投立法問題上，藍營先是口頭同意、技術阻撓；在「三二○」總統選舉日舉行公投，藍營更是公開呼籲台人杯葛。
去年六月，在美國表態反對台灣舉辦公投之後，民意調查顯示，仍有高達百分五十九的受訪者支持公投立法，反對的只有百分二十八。綠營更藉機攻擊，藍營反公投就是反民主、反改革。迫於民意及大選的壓力，藍營從拒絕公投立法，轉為主導立法，利用國親聯盟在立法院的多數優勢，將統獨議題，即國旗、國號的變更，排斥在公投議題之外。
但陳水扁宣布「三二○」公投題目後，藍營又發起杯葛行動。台北市長馬英九指摘，陳水扁逕自舉辦違法的公投，就像「現行犯」，不等判刑，人人都知道是違法的。
受制於藍營縣市長的杯葛及行政院的壓力，中央選舉委會對公投的細節規定，多次翻盤。先是禁止總統及公投分開領票、投票，最後仍要同意；投錯票的總統選舉票是否有效，也經歷了有效、無效，再修改為有效，最後確定為無效，非常曲折。