一向標榜民主的美國，對今年的台灣大選曾多次強力介入，總統喬治布殊公開批評台灣領導人有關公投的言行。在陳水扁宣布兩個公投議題後，國務卿鮑威爾更明言反對台灣就任何議題進行公投。
早在去年六月二十日，美國在台協會台北辦事處處長包道格就秘密會晤陳水扁，向台灣施壓，表明美國反對台灣就任何議題舉辦公投。這種強硬的表態，源於陳水扁在拋出公投構思前，完全未知會美國，讓美方陷於被動而相當不滿，擔心引發類以當年李登輝「兩國論」的爭拗，影響台海穩定。
因此，六月一日，喬治布殊在法國與胡錦濤舉行峯會時已清楚表示，知道公投可能造成的後果，答應向台北表達關注。但美國眾議院民主黨籍議員波洛西批評政府「嚴重破壞美國支持尋求自由民主的傳統」。陳水扁也未理會美國政府的態度，至九月宣布「公投制憲」時間表，也未影響他十月尾、十一月初過境美國時，受到美方禮遇。
就在陳水扁躊躇滿志，宣布已「搞掂」美國之際，北京頻頻向美方施壓。由於美方在國際反恐鬥爭、北韓核問題等方面，有求於中國，不得不在台灣問題上向中國讓步。至十二月九日，溫家寶總理訪問美國時，布殊總統公開表態，反對台灣領導人的公投言行，首次不點名批評陳水扁。
對於美國「老闆」的指摘，陳水扁不敢駁嘴，只強調會與華府加強溝通。但台方原定在今年一月向美國派出公投游說團，也因美方無意接待而取消。由於台灣在軍事上、經濟上都依賴於美國，布殊的批評猶如雷霆一擊，陳水扁氣勢一度沉寂下來，直到「二二八百萬人手護台灣」活動後才回升。