陳水扁主政四年，可謂風雨滿城，僅核四的停建、復工，以及公投問題，已令台灣的朝野陷入極度的對抗之中，以致內耗不斷，這樣又如何能專心施政呢？
「核四」是指台灣第四座核電廠。國民黨主政時決定興建核四，下台時已完成一半工程。
陳水扁上台後，為實踐其綠色的政治理念，不斷向國民黨籍的行政院長唐飛施壓，要行政院宣布停建「核四」。十月三日，唐飛因不肯屈從而辭職，前民進黨秘書長張俊雄接任，三個星期後即宣布停建核四，引起軒然大波。
朝野緊張關係被推至臨界點，在野黨發起倒閣及罷免總統行動，商界也不滿當局竟如此胡鬧，政策完全沒連貫性。朝野爭持近四個月，行政院在○一年二月十四日宣布核四復工後，危機才告一段落。
去年五月，陳水扁政府積極推動公投，台獨人士九月舉行聲勢浩大的正名大遊行，要求訂立公投法的呼聲高漲，一直反對的在野黨怯於形勢，被迫轉軚，結果公投法通過。陳水扁卻不顧美國多次公開反對，推出兩項公投議題，結果招致美國非常不滿，令美台關係陷入近年的最低點。