陳水扁在位短短四年，已先後因政治、經濟等理由，起用了三位閣揆，可說是歷來最「動盪不安」的內閣。
二○○○年三月二十九日，陳水扁當選後十天即宣布，將提名國民黨時代的國防部長唐飛，出任他的第一個閣揆，以示組成跨黨派的全民政府。空軍出身的唐飛在五月二十日接任閣揆。可惜，在民進黨人環伺下，唐飛不能有所表現，加上與陳水扁執意廢建第四座核電廠的理念不合，唐飛在十月初已兩度辭職，最後成為台灣史上「最短命」的行政院長。
接任的張俊雄原任行政院副院長，是陳水扁挺進總統府的頭號選舉功臣，臨危受命下成為首位民進黨籍閣揆。這次內閣重組幅度不大，只有財經部會首長因經濟不振而被撤換。
但十五個月後，張俊雄又因經濟沒起色，以及重回黨部部署阿扁連任事宜而辭職。陳水扁又再大幅改組內閣，換上青一色「自己人」，閣揆由總統府秘書長游錫堃接任。由唐飛點將的外省籍國防部長伍世文也要交出軍權，由客家籍湯曜明接任。至此，陳水扁的執政內閣才正式擺脫過渡性安排。但由於經濟一直沒起色，陳水扁三個內閣所獲評分都偏低。