為減低錦田河上游水浸威脅，渠務署自99年8月開始展開排水道工程，但在石崗菜站一段工地，工程截斷村民原有排污道，令污水「無路可去」，渠務署拒絕援手，只引用「水污染管制條例」，要村民自資安裝化糞池。
有關排水道主要把錦田新村與橫台山之間的一段錦田河，改建為一道較闊和較深、長約三公里的排水道，以紓解附近地區的水浸威脅，工程正進行得如火如荼，但問題叢生。
石崗菜站工地旁的村民高小姐向本報投訴，指其祖屋及鄰近五戶村民排放的污水，過去乃經錦田河流出，但因工程將錦田河截斷，致村民排放的污水「無路可去」，渠務署本答允為他們接駁排污喉管，但「做啲唔做啲」，喉管只引到屋外空地，「啲污水就咁流出路面，又污糟又唔合衞生，我哋要自己用木板封住，要求渠務署改善，佢哋又唔理。」
高小姐稱，最近收到渠務署通知，拒絕為他們重新接駁排污喉，更要他們自費裝置化糞池，「佢哋截咗我條村沿用咗幾十年嘅排污道，又唔同我哋起番，重要我哋自己畀錢，對我哋好唔公平。」
渠務署覆函本報查詢稱，石崗菜站的污水是直接排放至舊有錦田河，根據1980年生效的《水污染管制條例》，把污水直接排放至河流是違法，戶主必須自行興建化糞池，處理污水。由於渠務署在上址興建的主排水道，只收集及排放雨水，故不能把排污水管接駁至主排水道，而且渠務署沒有責任為上述戶主興建化糞池，故已把個案轉介環保署跟進。發言人表示，已為村民將污水引至滲濾渠，可能村民感排水慢而自行將污水排出地面。
環保署回覆稱，根據「水污染管制條例」，任何人士不可將污水直接排放，污染環境，否則即屬違法，首次定罪，最高可被罰款二十萬及監禁六個月。
發言人指，一般而言，鄉郊地方的家居污水要先用化糞池及滲水井系統加以處理，方可排放，以免造成環境污染。（○二○四○○二）
新界西立法會議員陳偉業指，事件正反映現時新界區排污問題，不少新界舊村屋皆「非法排污」，但村民均不是「故意」違法，而且歷史違留下來的問題，自環保條例生效後，政府只有「條例規管」村民，但無實際協助及指引，故不少新界居民仍沿用「非法排污」。
他說，政府因工程將石崗菜站村民「非法排污」阻截後，在道義上有責任為居民興建化糞池；加上對部份村民而言，興建化糞池可能會造成很大經濟壓力，而且化糞池衞生欠佳，往往成為病菌溫床，長遠而言，政府實應全面革新新界區排污系統。
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