談到高度自治的問題，蕭蔚雲引述《基本法》第二條，指香港享有行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權；他希望外界留意，除了司法權外，在其他權力的前面都沒有「獨立」二字。
「如果所有都『獨立』，就不是高度自治，而是完全自治……一點也不管，那我們收回香港幹甚麼？」他愈說愈激動：「中央有中央的權，特區有特區的高度自治權，但絕不是中央對香港事務一點也不能管，愈少愈好，不管最好，這樣講是不行的。」
他又說香港奉行行政主導，根本就沒有三權分立，三權分立只是以前英國人用的字眼。
立法會議員李柱銘狠批蕭蔚雲「完全唔明白香港情況」，他說當年鄧小平指示抽起草稿中「三權分立」的字眼，但實施上香港政治體制是在行政、立法及司法三權分立的框架下運作，而且行政機關一定要受到制衡，否則亦不需要有第六十四條政府向立法會負責的條文，「唔係行政機關為所欲為，《基本法》都冇寫明行政主導，點解蕭蔚雲又話要行政主導？」