政制檢討的一個重要環節，是要全盤考慮行政與立法機構的關係。
特區政制以行政主導為主軸。政府擁有立法及財政上的主動權，主要官員的任命也毋須立法機關同意，同時加上龐大的資源支持，所以與立法機關周旋時自然佔盡優勢。問題是《基本法》並未為特區確立一種健康的行政立法的權力關係。
特區所奉行的並非西敏寺模式的行政立法關係。英國所行的議會制，行政立法權力皆來自同一選舉所產生的民意授權，而由國會的多數黨組成政府，唇亡齒寒。在這種情況下，政黨及這種結構性的互相依賴，大大減低了行政立法對立的可能性，出現僵局的情況甚為罕見。一旦真的出現這種危局，打破僵局的做法是由首相請求女皇解散國會，重新大選。這種做法，實際上是交由公民去決定行政立法誰對誰錯，以重建政府的公信力。
反觀本港，特首由獨立於立法會的推選辦法所產生。他與立法會議員的任期，互不相干。而目前的特首選舉條例，也明令禁止特首有政黨背景。
換言之，他並沒有特別的憑藉去取得立法會的支持。這也先天性地局限了和諧的行政立法關係的發展可能性了，而兩者的僵局，也往往只可以透過特首以政治手段去解決，例如政治吸納、政治交易以至壓力去迫使立法會就範。再加上特首本身的產生過程缺乏公信力，故此假如出現與立法會對峙的局面時，往往會受到接近半數由全民普選產生的立法會挑戰其權力認受性，在輿論上難以取得上風。
特首唯一的憑藉，實際上是立法會上的「保皇黨」，因為在現時的分組投票機制下，少於全體半數的議員也可以成功瓦解反對派的阻力。問題是，這卻極可能會陷特首於這些保皇黨的威脅之下，受制於少數利益集團，進一步削弱政府的公信力。
故此，假如真的要確立行政主導，必須從以下思路去考慮：第一、特首的產生辦法必須有更廣泛的民意基礎，全民普選是最佳選擇；第二、必須加強行政立法機構的政治聯繫，由在立法會佔相當議席的政黨的立法會議員或其黨友去擔任行政部門要職；及第三、從制度上去加強行政立法溝通，例如，在立法構思期邀請相關的立法會專責委員會參與政策討論。這些改變，有利於建立有效管治，提高決策效率，減低行政立法對立，建立真正的強勢領導。