反恐戰令基督宗教與回教關係緊張，美國強調並非針對回教徒，領導追捕拉登和伊拉克前總統侯賽因工作的將軍，卻多次公然唱反調，指回教徒崇拜假偶像，反恐戰是宗教戰爭。
最近晉升為負責情報的助理國防部長幫辦博伊金，過去兩年在多個基督徒聚會的發言給傳媒抖出來。他一次談到索馬里回教徒軍閥時說：「我的神比他的強大，我的主是真神，他的只是偶像。」
博伊金又說過，總統喬治布殊是由神挑選出來，領導對抗撒旦的戰爭。他六月在一個聚會說：「我們的宗教源於猶太教，所以（伊斯蘭）激進分子永遠憎恨我們。」在另一個聚會，他又指他們的真正敵人不是拉登或侯賽因，而是「撒旦」。
國防部長拉姆斯菲爾德周四不肯評論博伊金的言論是否恰當，也沒有說會否作出調查，只說博伊金在軍隊內有「傑出的紀錄」，並重申反恐戰非宗教戰爭的官方口徑。
路透社