為確保「神舟五號」太空船上太空人的安全，中國航天科技部門已採取一系列措施，分別制訂了飛行中、返回途中、發生意外時等情況下的應急方案。其中，載人艙內有一個保護太空人的金屬網狀「緩衝桶」。
北京專家指出，「神舟五號」太空船總體安全要求是，太空船每一個系統要「做到一次故障，正常飛行；二次故障，安全返回」。當太空船發生意外時，載人艙內的金屬網翼會自動展開，形成一個「緩衝桶」，有效保護太空人。
在應急方案方面，北京專家稱，若發射前運載火箭出現故障，逃逸火箭會啟動並帶着太空船逃離現場；火箭升空過程中，還有整流罩保護太空船不受高溫、高飛行與空氣摩擦等因素影響；返回艙進入大氣層後，將逐一打開四層降落傘，引導載人艙平穩降落。