對於有港人不慎攜帶《大紀元時報》在羅湖過關時遭深圳關員拘查，本港保安局發言人表示，並無有關事件的統計數字，亦不會就事件置評，只說若港人在內地遇上困難，可致電入境事務處的二十四小時求助熱線28293010。
發言人又稱，海關在各口岸均有派發一份旅客須知的小冊子，不過該小冊子只列出不能攜帶進港的物品，至於北上的違禁品，並無載列。
立法會保安事務委員會副主席涂謹申認為，既然多番發生港人因誤攜刊物遭扣查事件，港府應向中央查詢清楚及向市民交代。他指出，現時究竟有哪些刊物可攜帶北上，根本無從得知，市民大眾也感無奈。
《大紀元時報》社長朱彤斌解釋，每逢星期六在不同地點派發周刊，是希望市民在乘車上班時，可在途中閱讀，並非蓄意令市民誤將刊物帶入內地。她強調《大紀元時報》內刊載的文章正氣，「又冇教人鹹濕，只係一啲正面嘅報道，每個人都有自由，大陸咁做係唔啱嘅。」
朱彤斌否認刊物是法輪功組織刊物，更強調該周刊是一份以副刊為主、敢言及正義的刊物，但她也承認報刊股東不少是法輪功學員，亦會不定期刊載關於法輪功的文章。本港法輪功組織發言人簡鴻章表示，《大紀元時報》並非由他們印製，他本身亦沒有在該周刊撰文。