粵港兩地經濟及社會融合勢必為特區政府帶來嶄新的管治問題。假如政府能妥善處理這些問題的話，特區經濟及社會可以轉危為機。否則，粵港融合未必如一些論者描述般那麼互惠互利。
首先，從公安部宣布廣東省「個人遊」將延遲至明年五月實施來看，中央政府已經察覺加速粵港兩地融合可能對特區治安構成威脅。雖然特區政府及旅遊發展局希望內地遊客可以刺激本地經濟，但卻低估了部份內地人士很可能透過香港遊進行非法活動，包括集體偷渡、有組織地洗黑錢、非法逗留香港及跨境賣淫等種種問題。
事實上，特區警方最近公布的罪案率亦顯示內地人士來港犯案者增多。雖然中央公安部誓言鏟除「張子強」之類的犯罪分子，但仍然難以杜絕內地人士在港洗黑錢及計劃偷渡往歐美各國等問題。從防止跨境犯罪的角度來看，中央與特區必須打擊洗黑錢及非法偷渡的問題。
第二，「更緊密經貿協議」根本無法在短期內解決特區失業問題，而長遠來說更可能刺激不少本地商業移師內地，使資金不斷流向內地。倡議兩地融合的人士，根本不能提出具體數據支持融合對港有莫大經濟效益。其實，特區政府最實際的做法是加速落實河套加工區的構思，仿效澳珠加工區般，每聘請十位勞工中，有三個是特區居民，這樣才能確實創造就業機會。
第三，由於特區人口不斷增加及老化，政府有必要盡速制訂粵港融合的整個藍圖，包括怎樣刺激多些港人移居內地，檢討如何追查逃稅港人，研究是否需要收緊資格，減少移居內地多年港人返回特區領取各項社會福利，及怎樣協助提供港式醫療和教育設施予居住內地的港人。假如特區人口不斷膨脹（包括內地來港的「地下」人口），而老化的港人皆不願移居內地的話，特區政府將來勢必面對極沉重的社會福利及醫療負擔，直接加深管治危機。
最後，由於深圳早在九七年已經研究與特區合併的可能性，而最近中央政府亦派小組往深圳研究「大深圳」的方案，特區政府有必要從速研究與深圳、澳門及珠海合併的種種模式。由於港珠澳大橋已拍板定案，四地的合併勢必於二○四七年提出來討論。
其實，旅遊發展局不應只依賴內地遊客來港刺激經濟。本地的歷史文化遺迹往往被旅發局忽略。總括來說，粵港合併將為特區政府帶來契機和危機。由於過去六年來特區政府皆未能提出一個宏觀而又全面計劃的粵港融合藍圖，兩地在經濟及社會融合後帶來的管治問題未必是特區高層能預見的。無論怎樣，粵港融合將帶來前所未有的挑戰。假如處理不妥善的話，特區將面臨不少嶄新的管治問題。