繼教育署、勞工處之後，衞生署將會成為下一個「局署合併」的對象。據悉，「沙士」一役，令政府高層高度關注「局長」和「署長」權責分工問題，考慮把現時法例賦予衞生署長的權力，撥歸問責局長。
據悉，在抗疫過程中，衞生福利及食物局局長楊永強和衞生署署長陳馮富珍經常有不同意見，例如應否封鎖淘大花園E座、應否把E座居民搬至隔離營，導致決策有所延誤；陳太甚至因堅持不想把E座居民搬至隔離營，在會議上灑淚。
消息人士形容：「問責局長要承擔最後責任，而且又是署長的直屬上司，按道理應該有權『話事』；不過，按現存法例，權力都屬於署長。所以，如果兩人有爭拗，局長也不能輕易否決署長的想法，情況可以很麻煩。」
政府高層有意見認為，要更有效和快速處理傳染病或相類似問題，應重新分配問責局長和署長的權力，避免問責局長「有責無權」。
本報記者