保證基金的分類，亦可分為「投資掛鈎」與「非投資掛鈎」兩類。
顧名思義，投資掛鈎的保證基金，是以市場價來計算基金單位價格。如果供款人符合基金所訂定約束性條款之時，供款人便可得到有關的（軟性）保證，而基金保證人（發行人）所能收取客戶的儲備費用及保證費用亦會有明文規定。一般而言，這類基金的運作與普通的基金分別不大。
至於非投資掛鈎的保證基金，供款人在提款之時，可以得到基金事先所訂明的最低回報，就算基金所投資的資產回報不理想，亦不會受影響。相反，如果基金所投資的資產回報很理想，供款人亦不會有額外收益。這類非投資掛鈎的保證基金的作風一般較為保守，回報自然較少，而一般所訂明給予投資者的最低回報率也會較低。
此外，買賣保證基金之時，亦要留意基金保證人有沒有單方面撤銷保證或修改保證的權利。在一般情況下，保證人有權在保證期內，因應市場狀況而單方面調整所保證的回報率、修改保證條款，甚至撤銷保證。保證人只要預先通知（例如給予數月通知）供款人便可。只有少數保證基金無條件保證的，但所保證的回報率則會較低，而其他買賣的相關費用亦會較高，這點是要留意的。
有時會出現基金的投資回報與所保證的回報並不一致的情況，假若投資回報理想，比起所保證的回報率高，又會怎樣？這時候保證人有權扣起超越保證回報率的全部或部份，撥歸擔保人或保證人的利潤。原因是市場可能出現逆轉，導致所保證回報高於實質基金投資回報，這樣保證人便可將以前的儲備或利潤拉上補下，用好景時扣起的額外回報來填補逆境之時回報的不足。
麥萃才 浸會大學財務及決策系助理教授