受非典型肺炎影響，本港客運航班大幅減少，以致依靠客機空運貨物的東南亞線運費，近月上升了10%。
香港付貨人委員會執行總幹事何立基表示，雖然客機班次減少，但對本港整體空運業務影響不大，因為本季傳統上為空運業淡季，市場需求較少；其次是歐美等主要市場，由於屬遠程路線，多會採用貨機運輸，今次航空公司取消的航線以客機為主，貨機不受影響。
至於輸往日本、韓國等北亞地區的貨品，他說貨主可採用貨機取代客機，故影響有限，打擊較大的應是東南亞出口市場，如星、馬、泰等，因為貨物多數以客機運送，利用貨機的並不是太多，由於只是客機航班減少，例如一日只有一班，大大減少了付貨人的選擇，以往每天有4、5班機選擇，現只有1、2班機選擇，運費同時上升了10%，但大體上仍可應付有關需求。
就有關海外買家拒收港貨傳聞，香港中華廠商聯合會會長陳永棋證實，只是一些個別無知的土耳其商人，誤以為在中國生產的玩具會傳染肺炎而拒收港貨，他強調這只屬很少數個案。該會已發信給各國領事館及外國團體，向他們表明「由香港出口的貨物並無問題、所寄出的貨辦也無問題，唔會有菌，就算有菌，運到去所有菌都已死晒」。