為防止非典型肺炎蔓延，天主教香港教區向聖堂及教友發出指引，要求教堂定期消毒清洗，而神職人員主持宗教儀式時也要戴口罩，並取消送聖血、聖堂門外放聖水等安排。
按有關指引，為預防病毒擴散，聖堂要定期以稀釋漂白水清潔，並提供口罩給教友取用，為安全起見，有咳嗽等病症的教友毋須參加主日彌撒，教友也不用蘸聖水、不送聖血、暫停以口領聖體（餅乾），唱聖詩不用牽手。
神父在聽告解時及送聖體時，必須戴上外科用口罩，以防飛沫傳染，至於將手輕放兒童頭上以示祝福的「覆手」儀式也會暫停，禮儀人員在儀式前後要洗手，送聖體員及探訪員暫停到醫院探訪病人，如有需要可由司鐸負責，而司鐸探訪病人後，也要洗手清潔，防止疾病傳染，並暫停明天及後天的主日學。