朱鎔基在五年任期內，聲望最隆、權勢最大的卻是就任的頭一年。在這一年裏，先有亞洲金融風暴，然後是百年不遇的華南、華中大水災，自認「除了埋頭苦幹地工作以外，沒有甚麼優點」的朱鎔基，一一應付下來。
而且，朱鎔基怒批九江長江大堤是豆腐渣工程，探訪災區的農民等，都廣獲好評，使個人聲望達到空前的高位。
不過，就在一九九九年初，美國國會的「考克斯報告」指華竊取美國軍事科技，要進一步限制高科技出口到中國。中美關係跌到低點，朱鎔基卻在四月「為美國人消消氣」而出訪美國。訪美時，在中國加入世貿組織的談判上，他向美國人「送出不少大禮」，仍無法令中美達成中國入世協議。更不幸的是，朱回國幾天，美軍就炸中國駐南斯拉夫大使館。朱鎔基備受各派圍攻，不少人更批評他賣國。自此，朱的經濟決策權被江澤民所奪，此事亦成為他任上的轉捩點。
往後兩年多，朱鎔基明顯低調了，無復以前的豪氣，儘管在徹查廈門遠華案時稍稍回復「雷厲風行」的本色，但大權旁落後終難有作為。
與此同時，朱鎔基全力追查富豪偷稅漏稅問題，內地不少富豪都中箭下馬，當中包括有「億萬富姐」之稱的劉曉慶、瀋陽歐亞農業前主席楊斌等，為他挽回一點聲譽。他力薦溫家寶作為繼任人，亦受到輿論好評。