南水北調工程所掀起的爭議雖不及三峽工程，但亦引起不少人質疑，英國《經濟學人》雜誌曾經引述專家批評，南水北調工程和三峽工程同樣破壞生態環境，擾亂居民生活，且不能解決問題。
《經濟學人》指出，南水北調中線工程可能令丹江口水庫下的漢江水位下降，藻類叢生，最後導致大量魚類死亡；而由於丹江口水庫工程擴建，令蓄水面積增至三百七十平方公里，附近二十萬居民將被迫遷徙；而水庫附近的多個文物遺址亦會被淹沒，當中包括有六千萬年歷史的恐龍蛋化石遺迹。
對於外界質疑，中國水利部副部長張基堯昨亦反駁指出，工程對長江生態環境利遠大於弊；而官方新華社亦引述長江流域水資源保護局高級工程師熊文指出，工程完成後，漢江的藻類反而會減少。
本報記者/新華社