馬英九以高票當選台北市長翌日，《蘋果日報》頭版的標題之一是：「港人：『他做特首可能幫到香港』」，並刊登了香港市民的反應，以及學者專家將他與董建華作比較。有關反應中，有的說「馬英九公認是靚仔」，有的說「他每次出台說話都十分有說服力」，有的說「他能力和聲望都勝過董建華」，有的說他「十分親民，董建華就不得民心……」。
馬英九長相俊朗，語言能力強，具個人魅力，這些都是公認的事實。但這些優點若無其他領導才能與性格、操守相配合，也未必一定是勝選的正數。民進黨就以他的長相俊朗來嘲諷他是「檳榔西施」（賣弄色相），而董建華在一九九六年底剛當選第一屆特首時，民望也上升到百分之六、七十。但現在，若拿董建華來跟馬英九作比較，那麼比較本身已是對馬英九的侮辱了。
馬英九最大的特點，是他對權力與責任的深刻體認。電影《蜘蛛俠》中有一句名言：「你有多大能力，就要承擔多大責任。」能力換成權力，也是一樣。馬英九當選後在掃街謝票前開記者會，談到他的心情，他說，四年前勝選後，競選人員開香檳興奮不已，他卻獨自呆坐在總部，兩眼直勾勾地瞪着前方不發一言，幕僚問他為何落落寡歡，他冷冷地說，「你們只要把我選上就好，我還要幹四年呢」。當選後責任隨之而來，讓他備感壓力，現在他的心情還是一樣，想想未來的重擔，到現在還輕鬆不起來。那麼多市民支持，要拿甚麼回報人家。這種人民直接投票造成「民命」壓力，所產生的責任感，當然不是由中央欽定並經小圈子蓋橡皮圖章產生的香港特首會具有的。
馬英九的另一特點，是他在這種責任感的驅使下，真正地做到「急市民所急，想市民所想」。在經濟不景氣之下，台北市經濟發展支出四年來都增加，市民每戶可支配所得也有所增加，而這兩項，扁政府的全國的數字都在減縮；台灣在扁政府上任後，失業率上升了百分之三，而台北市在馬英九四年任內失業率只上升百分之一點七。他決不可能像董建華那樣，只急市民所不急，而中央在急的事，如《基本法》二十三條立法。
馬英九行事的第三個特點，是「對的事情堅持到底」，決不為了遷就民望而放棄。如他在法務部長任內，為掃除黑金，不惜得罪權貴，最後因而丟官。在市長任內，推動垃圾費隨袋徵收，以及水荒中實施限水政策，都是勇於任事的表現。
馬、董最大的不同，就在於與中央政府的關係了。馬英九尊重體制，訪香港期間也維護陳水扁。但涉及台北市的利益及他所信奉的原則，則與中央力爭。比如他一直力爭財政收支劃分應公平對待台北市，他堅持台北市要用國際社會普遍接受的漢語拼音方案來繙譯人名、街道名，而與中央不一致。馬英九與中央不協調，一直是選戰期間民進黨攻擊他的話題。反觀董建華在中央領導人面前的唯唯諾諾，對中央意向的捕風捉影，實在是雲泥之別了。