九一一事件發生後，美國在世界各地都積極進行反恐活動，取得相當成果，但東南亞地區的反恐工作卻相對失色，令當地成為反恐戰中最弱的一環，西方情報機關尤其擔心印尼會成為阿蓋德發動恐怖襲擊的「第二戰線」。
恐怖組織得以在東南亞活躍，主要原因是該區有二億回教徒，佔全球回教徒人口的兩成。他們向來以溫和著稱，但近年印尼、菲律賓和馬來西亞的激進回教徒紛紛冒起，不少把拉登視為「英雄」，並接受阿蓋德的資助，當中以菲律賓的「阿布沙耶夫」游擊隊、在星馬和印尼活躍的「伊斯蘭祈禱團」經常策動恐怖襲擊。
東南亞部份國家有意打擊這些與阿蓋德有關恐怖組織，但當局擔心這會被指成為美國打壓回教徒的幫兇，令到當局左右為難。馬來西亞總理馬哈蒂爾雖表示希望與美國在反恐情報上加強合作和交流，但強調國內的反恐行動毋須美國操心，一來擔心激發國內的回教徒不滿，二來害怕美國影響力滲透，因此他曾要求美國和其盟友應多了解回教徒的不滿和「聽聽其他人的意見」，顯示他對美國和西方國家有一定抗拒感。
東南亞部份地區政局不穩是恐怖組織得以活躍的助力。以印尼為例，近幾年政局不穩及是個千島之國，令潰散的阿蓋德可輕易在印尼匿藏及活動。加上印尼副總統哈茲的包庇，一再否認境內有恐怖分子，使當局難以打擊恐怖組織。另《時代》周刊指，阿蓋德正在孟加拉重整勢力，令孟加拉可能成為阿蓋德的新戰線。
綜合外電報道