廉署自九八年成立保護證人組，在得到證人的同意下，為可能受威脅的證人安排保護措施。對於一般案件，組內佩槍人員可提供二十四小時貼身保護；較嚴重的會安排證人入住地點保密的「安全屋」。過去一些案件的保護期達九個月。
立法會前年通過《證人保護條例》，賦權當局在極端情況下，獲廉政專員推薦和行政長官的批准，為面臨極度危險的證人在完成作供後改名換姓，簽發新身份證明文件，以另一身份繼續生活，甚至移居海外。但據了解，自條例生效以來，至今未有這類個案。
廉署保護證人組共有七名成員，包括一名總調查主任、三名高級調查主任及三名助理調查主任，每兩人一更，每更十二小時，全部受過槍械射擊、談判技巧、搜查、急救以至爆破的訓練。