與「南京大屠殺」僅有一字之差的「南京大毒殺」案，純粹是社會刑事案件，本不涉政治。然而，在中共十六大將要召開之時，中共高層恐影響民眾情緒與社會穩定，指示大陸媒體對事件不准曝光。因此，案發當天，新華社只作簡短報道，大陸各大媒體則隻字未提，只廣東出版的《二十一世紀環球時報》例外，不守規矩地大幅報道。
大陸有人表示，每次國家有大事之前（十六大將召開），總會有大災禍，上次兩會的時候石家莊就發生了人為的特大爆炸案。
案發三天後，抓到了嫌犯，於是新華社和中央電視台的新聞聯播，才報道了相關訊息。
死了多少人？新華社在十七日晚上正式發表為死亡三十八人，中毒人數二百多人。然而，這之前，在十四日的新華社報道中，已指出死亡人數為四十一人，而在十七日早上中國官方的英文《中國日報》則引述南京公安人員的話說，有約四百人中毒，三百多人入院治療，四十九人死亡。怎麼到了十七日晚上，卻又變成只有三十八人死亡了？莫非有人死後復活？
據港台媒體在當地採訪所得，當地醫院和公安部門所披露的信息，均顯示有逾百人死亡。
據稱，僅是八三醫院，已搶救了超過二百名中毒者；在湯山醫院，除病床外，連空地上都躺滿了中毒者；而當地參與搶救的醫院超過十間，故中毒人數肯定超過十七日官方公布的二百多人。另據一名學生說，她就讀的作廠中學已死了幾十人。據說湯山中學一個班只死剩兩個人。有香港媒體報道，死亡人數高達二百四十多人。
警方反應慢，是導致死亡人數擴大的原因。據報道，八三醫院在凌晨四時五十分就有中毒者被送去搶救，五時多，送去的五、六十人，於是一名醫生立即報警，建議關閉湯山鎮的早點店，但據一名中毒不深的女孩稱，她在早上七時十分左右，還從有關店舖買到燒餅，吃了約二十分鐘就毒發了。這表示，警方在接報後，兩個小時都沒有採取行動。
封鎖新聞，壓縮死亡人數，盡量大事化小，使公共機構（如公安部門）缺乏社會輿論的監督，長期以來的做法，是導致這次警方反應慢的原因之一。在十七日中國外交部的記者會上，發言人孔泉回應國外記者的詢問，竟說中毒事件不是外交部的業務範圍，這樣的推托之詞更是莫名其妙了。
大陸的網民表示，在國外如有突發事件，各大媒體會全程跟蹤報道，而咱們國家的媒體……無奈，悲哀。有網民說，各大媒體對南京大毒殺案「淡然處之」，只會歌功頌德，說明媒體道德淪落到何地步。還有網民說，「早知被愚弄，但又如何？可以如何？」不過，官方網頁上，有關批評當局的言論很快就被刪除。
若以「一國」意識為基本法二十三條立法，那麼大陸媒體對南京大毒殺案的處理，可作殷鑒。