中立對沖基金要在不偏不倚的投資環境中減低市場風險，卻因此而局限了獲利空間；反之，專注長短倉策略的對沖基金則希望兩者俱備。
這類基金乃對沖基金之父鍾斯（AlfredWinshowJones）所創立，其運作模式可算是各類對沖基金之始祖。簡單來說，與傳統基金最大不同之處，乃組合容許採用持有及沽空交易，投資範圍包括股票及指數期貨期權，其策略運作及透明度較其他對沖基金為高。據統計，此類項目的資產值為單一策略對沖基金組別中最大的一種，約佔總資產比例43%左右。
成立長短倉策略對沖基金不算困難，但要在芸芸對手脫穎而出，卻也不容易。基金經理測市的準確性自屬首要元素。由於大部份此類對沖基金。主要以股票作投資對象，所以基金經理除了具備揀股的基本技巧外，如何靈巧變陣，方是產品突破的關鍵。一般來說，他們都會揀選市值較大及流通量較高的股份，然後利用「高沽低揸」的投資定律，即持有估值較低而沽出估值較高的股票。要兩者兼顧，基金可能需要發掘一些質素較差的股份。除此之外，如何作出風險管理、控制組合的槓桿投資比率，以及空倉比例，也十分重要。現時一般長短倉策略對沖基金，其組合可分為偏長、偏短或中性發展。由於組內基金大部份不願承擔過高風險，故寧取前者居多，其運作架構簡單，舉例說，組合持有八成長倉及五成短倉的項目，那麼其總持倉或市場風險乃兩者之總和130%（80%+50%），但其淨持倉及市場風險則只是30%（80%-50%）。
至於沽空比例上限制會較多，一般安排都會介乎於長倉比例的50%至100%之間，甚少可以超越長倉比例。
基金經理通常會沽空大型股份，指數期貨（IndexOption）或認沽期權（Puts）來達到短倉投資的目標。由於現時東南亞多個股市尚未放寬沽空空間，故區內大部份長短倉對沖基金多選日本為主要投資對象，發展程度卻始終與歐美市場有一段距離。
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