第一屆行政會議在結束時建議九鐵與地鐵（066）合併，但是沒有建議如何合併。
如果地鐵仍未上市，合併是輕而易舉，但是，今日地鐵是上市公司，要與九鐵合併，必須以現金或發行新股來收購九鐵。如果以現金來收購，地鐵必須進行大規模的供股集資，對地鐵的股價打擊很大，這與政府想減持地鐵股票的目的相背而馳。如果以發行新股來收購九鐵，則港府賣掉九鐵所得到的只是一叠股票，仍然無法達到套現的目的。
新任庫務局局長馬時亨未上任已先說，港府會盡量賣資產以填補赤字，而兩鐵就是港府賣資產的最佳目標之一。如果兩鐵在這段時間搞合併，港府套現的目標會大大打了折扣，很奇怪為甚麼行政會議在現階段建議兩鐵合併。
我認為兩鐵合併的最佳時機應該是在九鐵上市之後。九鐵獲得第4條過海鐵路的經營權後如虎添翼，正應該趁這個機會推出上市，讓港府先套現一筆錢，將來才談合併。兩家上市公司的合併就很容易處理，可以股換股，就像當年滙豐銀行與米特蘭銀行合併一樣。這樣的合併肯定會受到地鐵與上市後的九鐵的股東所贊同，因為合併後可以通過精簡架構以提高效率，降低成本，提高利潤。
另外，這次九鐵能擊敗地鐵取得過海鐵路經營權，其中一個理由是九鐵沒要求港府准其發展鐵路上蓋土地，這配合了較早前曾蔭權宣布政府將監管西鐵的房屋發展計劃，換言之，兩鐵將來是純鐵路公司，土地發展機會已大大減弱。
曾淵滄