據瑞士航空控制當局的說法，控制員曾三度要求客機降低飛行高度以免與貨機相撞，但機師均無即時回應，待回應時已肇禍。不過，俄羅斯方面否認此說，並指機師有十年國際航線飛行經驗，且英語能力良好，不可能在這方面出問題。
德國航空控制部門發言人稱，若非因兩機機師偏離原定航道，空難便可能是因地面控制員輸入錯誤的飛行路線數據而引致。意外發生數分鐘前，兩架飛機的管制皆已交由瑞士方面負責。
DHL與俄方分別表示，兩架出事飛機均裝有避免飛機相撞的TCAS系統，當系統偵察出兩機可能相撞，就會分別向機師發出轉飛不同方向的指示。系統是否事發時失靈，尚待調查。英國《泰晤士報》指出，當飛機以時速八百公里前進，機師可能只有幾秒時間作出反應。
英國廣播公司（BBC）指出，出事俄羅斯客機與DHL貨機的空中管制，事發幾分鐘前已分別由德國和意大利轉交給瑞士控制員負責，而機師有否跟着轉用正確通訊頻道，需要調查。若證實這方面出問題，那麼歐洲聯盟提出的統一航空管制「單一天空」計劃，可能更有需要推行。
此外，為了增加航道以紓緩擠塞，歐洲在今年一月將高空航機之間的最低垂直距離減半，但歐盟官員否認這和意外有關。
出事客機是圖154噴射機，此機種過去的安全紀錄不良，在九○至九五年間曾涉及十宗嚴重空難，但其實多數與機件無關。
俄羅斯方面指出事客機投入服務只有七年，屬於新機，排除了機身老舊因素。
綜合外電報道