二○○一年一月十二日，政務司司長陳方安生終於證實坊間傳言，宣布以個人理由提早在同年四月退休，這個消息不但震動香港及國際社會，更結束了陳方安生及董建華這對「政治怨偶」三年來一直貌合神離的關係。
雖然陳太在回歸前，獲董建華邀任特區首任政務司司長，但這位被北京視為英國人安插在港的棋子、西方社會尊為「香港良心」的政壇女將，除了回歸之初和董建華有一小段「蜜月期」外，其餘時間均要面對政治上內外交困，日子並不好過。
性格上，陳太和董建華有明顯分歧，兩人常為施政問題爭拗，更成為本地左派「倒陳」的重大「罪證」。例如董建華推母語教學，陳太反對；港大民調事件，陳太力主辭去路祥安，但董建華卻力保路祥安過關。
到後期，陳太更成為阻礙董特首施政、令他民望下挫的「罪魁禍首」。二○○○年九月，陳太訪京，傳聞港澳辦主任廖暉為此狠狠教訓陳太一頓，為她提早退休埋下伏筆。
除了要面對內部政治暗箭外，社會上的政治風波也令這位經驗豐富的公務員之首疲於奔命。新機場開幕大混亂，陳太作為新機場工程督導委員會主席，成為立法會及公眾追究的頭號目標，也為她的公務員生涯蒙上污點。
退休後的陳太投身志願工作，大有笑傲江湖之意；但她一手扶植的「手袋黨」在問責制下差不多全遭排除於領導層外，香港以往由文官管治傳統也隨陳太離開而消逝。