《高等教育檢討報告書》共有六個篇章，但只提及對大學教育資助委員會資助下的院校的檢討，沒有包含私立學校和公開大學等範疇，故《香港高等教育》在命題上已出現了問題。若我們嘗試從教育政策和公共政策角度分析這份報告書，將為我們帶來一些啟示。
從公共政策方面看來，報告書有幾方面的問題。
（一）未能清晰釐定高等教育問題，報告書沒有提及今日高等教育的概況及面對哪些問題。在這情況下，我們並不知道報告書內的方案是基於甚麼基礎建構而成。
（二）欠缺從教育角度來檢示有關的教育問題。若細心分析，我們會發現整份報告書並沒有透過教育角度檢視過往十年香港的高等教育現況，例如把報告書作為繼一九九六年第一份報告書提出後的總覽式評估。
遺憾地，此報告書傾向以資源分配、財源作為主要的布局。比如社會上的討論焦點集中於大學應否分為兩層架構，其背後所涉及的正是資源分配的問題。副學士學位也是以資源角度作討論。
在香港政府近日強調財赤困難，特首卻希望於十年內把百分之三十專上教育學額增加一倍的背景下，報告書更似只是為了回應這兩難困局，把焦點集中於如何以更少的資源來擴充和發展高等教育。
此外，報告書在概念上存在互相矛盾的地方。
（一）自主與操控式市場概念的互相矛盾：大學教育資助委員會希望以市場概念解決資源有限的問題，但所採用的卻是一種不完全的、操控的市場概念，而非以公開、自主市場模式鼓勵各院校在良性競爭下發展，政府只會挑選幾間大學加以重點發展，在這規則下，某些學校將獲欽點。
（二）強調表現與不強調表現的矛盾：報告書表明只選擇一些既定地被視為優秀的大學加以獎賞。換言之，一些新興大學就算表現出眾也不會獲得支持和鼓勵，跟強調表現與獎賞掛鈎的做法背道而馳。
另一問題是報告書所倡議的似有反世界潮流之嫌：從比較公共政策的角度來看，報告書反世界潮流而行的做法令人憂慮。現時世界上普遍應用的高等教育發展方向包括下放權力和多樣化，可是，大學教育資助委員會所建議的卻是一種集中權力的方針，只有某些大學可獲更多資源進行多樣化發展，局限其他大學的多元發展空間。這違背了把香港定位為國際大都會的理想。
用數據作對比，很多國家正在增加資源進行科研，但香港卻偏偏背道而馳。而更嚴重的問題是報告書做成了內部分化，迫使大學為爭取更多資源而把教育理念束之高閣。
政府於九十年代大量增加大學學位，報告書卻好像暗示自己一直走了錯路，並悲觀地預測，香港的大學將要被割裂成為三層，一是傳統的研究型大學，二是理工，三是學院：學院訓練副學士；理工訓練技術人員；大學培育精英。
最後，探討一下報告書對社會科學人文科學所帶來的影響。例如，報告書建議指出，將會選擇一些學科作重點發展，假設大學教育資助委員會把選擇的權力留給校長，選出一些範圍作特別撥款的話，預計不少校長也會選擇研究成果較快的科技發展，而非遜於效率和成果的人文科學。若這假設成立的話，這對修讀人文科學的學生來說是十分不公平的，因為他們就好像要淪為次等學生。長期忽略人文概念也會對社會的整全發展帶來不利影響。
香港城市大學人文及社會科學學院副院長 莫家豪