新界西居民蘇先生稱，他經常乘坐輕鐵，但發現自使用八達通收費後，所定票價不公，其中不少站的八達通分段收費，竟較購買單程車票為高，如從鍾屋村乘列車往屯門碼頭，單程票價四元七角，但使用八達通的收費卻是四元九角，與鼓勵乘客使用八達通的原意相違背，也令使用八達通乘客多付車資。
九廣鐵路公司輕鐵部回覆，現時輕鐵採用八達通及單程車票兩種收費模式，前者收費以乘車距離、車站數目計算車資，分為八級收費，後者則沿用分區收費，以地區劃為五個收費區，在指定收費區內，均需支付同樣車資。
絕大部份車站均以八達通的收費較單程車費低，只有少數較高，而且乘客若使用個人八達通，可享積分相等於普通八達通車資約百分之一至百分之二十八不等的優惠，在計算優惠後，八達通收費高於單程車票的情況，便會大大減少。
由於單程車票售票機的設計只可處理分區收費之票種，並未能同時兼容八達通的收費模式，若更改售票機的電腦程式，在技術上目前並不可行，不過長遠而言，將來在更換售票機時，會考慮將兩種收費結構統一。
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