統率台灣三軍的台灣總統陳水扁昨獲悉華航空難後，立即下令在不影響戰備情況下，全軍總動員協助拯救失事飛機的乘客和機員。台灣軍方在區內的海軍戰艦和空軍搜救直升機空群而出，連陳水扁的專用直升機也要出動，到墜機現場的海域搜索，並於傍晚六點十分尋獲第一具空難者屍體，至昨晚深夜已撈獲百多具屍體。
台灣行政院長游錫堃稱，他昨日下午四點獲悉華航空難的消息，立即向總統陳水扁報告，陳水扁立即指示在「不影響戰備」的原則下，全軍總動員搜救機上人員。游錫堃表示，事發後國防部第一時間出動區內所有軍力，包括八艘艦艇（兩艘成功級巡防艦、兩艘錦江級導彈巡邏艦、兩艘導彈快艇及兩艘近岸巡邏艇）、七架飛機到附近海域搜救。其後，台灣海岸巡邏隊再出動十五艘巡邏艇，令區內的救援艦艇多達二十多艘。當局又以無線電呼籲附近的漁船加入救援。
陳水扁指示交通部成立緊急應變中心，由游錫堃坐鎮指揮救援工作。當局並在距離事發地最近的馬公島（澎湖縣最大的島）上設立統一指揮中心，協調各部門的救援工作，而所有撈獲的客機殘骸、屍體、機上人士的遺物等，全部運至馬公，而死難者家屬昨晚及今天將到馬公認領屍體。
台灣軍方接獲總統的命令後，高層將領立即空群而出，參謀總長李傑進入戰爭時期才啟用的台北衡山指揮所，坐鎮指揮軍方的救援工作。國防部強調，救援行動入夜後也不會受到天氣的影響，空軍C130型運輸機昨晚在失事海域發射照明彈，使海面船艦和救難直升機能有效地進行搜救。
距失事現場最近的嘉義空軍基地約於昨日下午三點半接獲國家搜救中心的通知，稱一架華航客機在澎湖海域失事，在三時四十一分出動S70海鷗搜救直升機前往搜救。由於昨天適逢周末假期，部份直升機機員休假在外，基地立即在三十分鐘之內，緊急召回所有休假飛行員，先後出動七架海鷗直升機前往失事現場搜救，所有海鷗直升機都拆掉包括座椅在內的裝備，進駐距失事飛機最近的澎湖馬公基地，以落地加油再起飛方式進行搜救任務。
嘉義空軍基地出動的這七架海鷗搜救直升機，其中有一架更是總統陳水扁的專機，配備有尖端的夜間紅外線熱感應搜救系統，可執行二十四小時海上搜救任務。
由於華航客機殘骸分布的範圍很廣，軍方於昨日傍晚六點十分打撈到第一具屍體，並在距離馬公港東北方二十浬處發現大量油迹，而距離二十五浬處亦發現華航的救生衣。而在距失事地點五十多浬外的台灣本島彰化縣埔鹽鄉一處農田，也發現疑似華航失事班機的殘骸，以及一些飛機上書報雜誌。
當地居民稱，約於昨日傍晚五時許，空中就不斷飄下疑似飛機殘骸的棉絮，以及疑似旅客的行李和華航的刊物，這些東西散布在農田裏，大約有四、五公里的範圍。
當地居民說，此地的上空並非飛機航線，因此他們懷疑可能是風向的問題，將這些飛機上的物品吹到彰化上空。
本報記者