東帝汶幾經艱苦終於獨立，但眼前的日子更是艱難。東帝汶是亞洲最窮的國家，亦是全球最窮的二十個國家之一。新政府要盡快重建經濟、擺脫依賴邁向真正自立，更要兼顧內憂外患，可謂任重道遠。以下五方面，是東帝汶眼前的挑戰：
印尼撤出東帝汶時，大舉破壞基建設施。現時民眾多數靠務農和捕魚餬口，出口主要靠咖啡，沒有工業，就是要發展旅遊業，也不是朝夕之事。東帝汶將與澳洲分享帝汶海峽的石油及天然氣田，是希望所在；預期由二○○五年起，每年可為東帝汶帶來約十四億港元收入。在此之前，東帝汶只能依靠國際援助。國際社會上周承諾未來三年提供二十八億港元援助。
亞太區內鄰國都歡迎這新兄弟：中國是首批與之建交的國家，馬來西亞呼籲加入東盟。但東帝汶與印尼關係仍呈緊張；要發展經濟，定要與這強鄰打交道；過往的歷史是雙方的一根刺，獨立前夕的印尼軍艦闖境事件，印證了這一點。
獨立派和親印尼派民眾的仇怨尚待時間消弭，撤到西帝汶的親印尼民兵會否回來亦受到關注。保安的重任，暫時仍要依賴聯合國五千人維和部隊。
東帝汶四成人文盲，沒有自治經驗，而聯合國表明希望在兩年後完全撒手不管，如何急速培訓本地人才上軌道，是一大難題。
根據東帝汶憲法，政治實權主要在總理阿爾卡蒂里與國會，但總統古斯芒有深厚民望支持。古斯芒主張與小政黨分權，阿爾卡蒂里卻認為此舉妨礙有效管治，兩人的分歧可能令政局緊張。
綜合外電報道