居於將軍澳坑口市民指出，據他所知，地鐵將軍澳支線八月通車後，將有不少巴士線被取消或改道，如由將軍澳坑口往中環港澳碼頭的691過海巴士線會被取消，他認為當局此舉是迫使居民乘搭地鐵，對居民極不公平。
運輸署函覆，將軍澳新市鎮內約有八成人口，均居住在地鐵站七至八分鐘步程內，而將軍澳支線將提供頻密服務，由將軍澳車站前往中環少於三十分鐘，比現有過海巴士服務更快捷。由於預料大量將軍澳區乘客將轉乘支線前往港島，因此需調整現有將軍澳區巴士服務，以維持運輸網絡的運作效率。
有關建議仍在諮詢地區人士意見，最後會再次諮詢西貢區議會後，才決定是否實施。
地鐵公司回應稱，地鐵是環保的交通工具，新線通車後，每小時單向載客量約五萬六千人次，繁忙時間班次約兩至三分鐘一班，可配合將軍澳居民交通需要。地鐵公司相信，鐵路和路面交通工具互相配合得宜，可提高整體交通效率，改善市民生活。
九巴表示，為配合政府運輸政策及善用車隊資源，正與運輸署商討及研究，重組將軍澳區巴士服務。有關諮詢仍在進行中，未有定案，九巴會以開放態度，聽取意見。
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