董建華推出的「部長制」是重大改革，但卻一直秘密籌組，版本天天不同，最後揭盅的，可能是既不成熟，又多漏洞，最終會徹底摧毀香港賴以繁榮穩定的文官制度，代之以政治掛帥的管治模式，但直接受影響的公務員體系，不但沒有事前諮詢，事後也沒有安排解釋討論，而涉及特區長遠利益，市民大眾，立法會議員都只靠報章傳聞忖測度日，要待四月十七日才有正式公布，七月一日，就不顧一切上馬！如果這是董建華式的「問責」，那麼這個「問責制」將來有多重視與立法會溝通，及向立法會、向市民負責，就可以想見了。
由於事前的秘密進行及變化多端，將來的部長制、問責制的實行狀況，也就充滿着不明朗因素和疑問重重。其中一個最令公務員困擾的問題就是，將來政治任命的「部長」，與公務員之間的從屬關係如何？部長對公務員行使甚麼權力？能否定奪公務員的升遷及紀律處分？公務員的功過賞罰是否要看得不得到部長的欣賞、做不做到部長隨時創新的政治目標？
政治任命「部長」，動機和目標都是要由特首挑選自己信任、認為與他政治理命相同，及必須對他忠心的官員，直接向他負責。在沒有任何制度制衡之下，這是不折不扣的人治及長官專制。問題是，能否避免這種高層政治化及人治化，層層向下伸延，終於形成整個制度政治化，造成人治一條龍。中英談判、聯合聲明及基本法的基本思想是維持原有制度不變，部長制是否已改變了原有制度？