這些不合格的桶裝水，污染來源主要是生產過程中水桶沒有消毒，而水也只是簡單的過濾就灌入桶；另一個更嚴重的問題就是那些多次循環再用的「黑水桶」，其製造物料多是含有劇毒的塑料，會不斷釋出有毒物質到桶內的飲用水中。
廣州《新快報》記者明查暗訪市內多家非法桶裝水廠，發現其衞生情況令人不忍卒睹。一家位於天河區天橋底的三十平方公尺水廠，只得一部濾水機，加上兩三個工人，就每日生產一千桶「純淨水」。廠內的清潔用水池已經發黃，池水有點發黑，工人將一個個空桶扔進池內，隨意弄幾下就已完成清潔程序，然後將空桶搬往灌水間，裏面有一部濾水機，水喉水經過這部濾水機後裝進水桶，再封蓋後就成了「純淨水」，前後不過四十秒，在市面的零售價就是六元一桶。
更甚的，是部分無牌水廠擅自回收其他名牌水廠的水桶，再用自己的濾水機灌水，這樣就生產出售價十五元的名牌桶裝水了。
另方面，正牌水桶一般用優質聚碳酸脂（PC）為原料，成本要三十多元，且規定只能用一百次就要報廢。可是，「黑水桶」主要用廢舊VCD、進口洋垃圾等廢棄塑膠造成，不僅外觀粗糙，還會釋出有毒化學物質對人體危害極大，其成本則只需十多元。
廣州醫學院第一附屬醫院急診科的彭醫生稱，飲用未經嚴格消毒的水，很容易引發各類胃腸道疾病，體弱者更會出現肚痛、嘔吐、腹瀉等症狀。長期飲用，甚至會感染肝炎。