董特首提出的部長制，與現時制度最大分別是要講求權責分明，部長若有犯錯，便要承擔即時下台的風險。
現時高官講求集體負責，加上長俸制，即使犯錯也只會調職，不曾因而烏紗不保。但推行部長制之後，部長不再是公務員，全部是合約制，任期不多於五年。他們加入行政會議，負責制訂政策，設定議題的優先次序，然後到立法會及「落區」推銷政策；執行則留待公務員體系的常任秘書長負責。
部長推出的政策為市民所接受，自己的民望也大增；一旦推出的政策為公眾所詬病，那便有被迫辭職的危機。
部長制另一惹爭議之處，是薪酬問題。政務司司長曾蔭權曾暗示未來部長薪酬，要高過現時首長級第八級官員一年共三百六十萬的薪酬與福利；政界預計日後的部長年薪達四百多萬元，若以十一個部長計算，部長制每年增加開支近五千萬元。
雖然大家現正熱烈討論部長制，但日後的部長，基於《基本法》對主要官員的規定，部長仍然是叫局長。但在公務員隊伍中，各政策局則保留一個與現時局長同屬首長第八級的常務秘書長職位，月薪逾十九萬元。