保證基金是怎樣運作的呢？要了解它的運作方式，最好用以下例子說明：
假如有一隻保證基金是4年100%保本的，保證的金額是100元，那麼保證基金投資方式可能如下：
100元投資金額
88元 投資在零息債券
12元 投資在風險資產
基金的投資會劃為兩個部分，分別是低風險的零息債券投資，以及投資在風險資產之中，例如股票、股權或其他衍生工具。
把資金投放在零息債券中，目的是為了有保本的效果，所謂零息債券（ZeroCouponBond）是指在購入了債券之時，債券在到期之前是不會派息，債券持有人的唯一收益就是債券到期之時所收回的本金。因為零息債券與普通債券不同，在到期日之前是沒有任何收益，因此債券價格要有大幅折讓，才會有人買。
在上例之中，保證基金打算購入現價88元的4年期零息債券，那麼在基金投資4年期之內，並不會為基金帶來任何收益，但到期之日，即零息債券到期之時，基金會收回債券的本金100元，這金額，剛好等如基金開首投資額的100元，從而達到100%保本的效果。如以4年期計算，投資88元，4年後收回100元，每年複式利率增長約3.25厘，回報比一般銀行存款利率為高。至於其餘的12元便可投資在風險資產，例如股票、期權或其他衍生工具，提高基金的回報。